Pabón, Germán creator aut aut Amzel, L. Mario aut aut text 2012 continuing eng

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Estudiamos el desdoblamiento forzado de una molécula de ubiquitina, usando el protocolo de dinámica molecular "pull and wait" (PNW) a 300 K. Se implemento PNW en el programa CHARMM usando un tiempo de integración de 1 fs y una constante dieléctrica de 1. La estructura solvatada inicialmente, se colocó bajo tensión mecánica, ejerciéndose fuerzas en diferentes direcciones. El rompimiento de cinco enlaces de Hidrogeno entre los pliegues pi y P5 que tiene lugar durante los primeros 13 a 15 Å de extensión, marcan una barrera mecánica la cual define la máxima fuerza necesaria para el desdoblamiento. Las simulaciones realizadas muestran que dado un tiempo adecuado, la aplicación de una fuerza pequeña puede desestabilizar los mencionados enlaces de hidrógeno relativo a los enlaces que se pueden formar con moléculas de agua; permitiendo la formación de enlaces de hidrógeno estables entre aguas y donadores o aceptores de la cadena principal. De esta forma, las simulaciones con PNW muestran que la tensión mecánica no es responsable de separar los puentes de hidrógeno, esta sólo los desestabiliza haciéndolos menos estables con respecto a los enlaces que se pueden formar con moléculas de agua. Simulaciones adicionales muestran que la fuerza necesaria para desestabilizar los enlaces de hidrogeno, permitiendo su remplazo por enlaces con moléculas de agua, depende fuertemente de la dirección de estiramiento. El protocolo de simulación que permite equilibrar a cada paso de extensión, nos evidenció eventos conducentes al desdoblamiento de la molécula ubiquitina por fuerzas mecánicas. Dinámica molecular Simulación de procesos Enlaces de hidrógeno Estabilidad dinámica 01227483 IMPRESA 777515 Vol. 17, No. 03, Sep.-Dic. 2012, p. 273-281 130715 20240202112334.0 1336174