02423nab a2200229uuc4500001000800000005001700008008004100025035001200066040001300078041000800091100004000099245007300139520165900212650003201871650003701903650003401940650003401974700003802008773011802046942001002164999001902174133617420240202112334.0130715e20120901                    eng    a1336174  ccomduadb  aeng10aPabón, Germán4auteaut934632810aUnfolding Ubiquitin by force: water mediated H-bond destabilization.3 aEstudiamos el desdoblamiento forzado de una molécula de ubiquitina, usando el protocolo de dinámica molecular "pull and wait" (PNW) a 300 K. Se implemento PNW en el programa CHARMM usando un tiempo de integración de 1 fs y una constante dieléctrica de 1. La estructura solvatada inicialmente, se colocó bajo tensión mecánica, ejerciéndose fuerzas en diferentes direcciones. El rompimiento de cinco enlaces de Hidrogeno entre los pliegues pi y P5 que tiene lugar durante los primeros 13 a 15 Å de extensión, marcan una barrera mecánica la cual define la máxima fuerza necesaria para el desdoblamiento. Las simulaciones realizadas muestran que dado un tiempo adecuado, la aplicación de una fuerza pequeña puede desestabilizar los mencionados enlaces de hidrógeno relativo a los enlaces que se pueden formar con moléculas de agua; permitiendo la formación de enlaces de hidrógeno estables entre aguas y donadores o aceptores de la cadena principal. De esta forma, las simulaciones con PNW muestran que la tensión mecánica no es responsable de separar los puentes de hidrógeno, esta sólo los desestabiliza haciéndolos menos estables con respecto a los enlaces que se pueden formar con moléculas de agua. Simulaciones adicionales muestran que la fuerza necesaria para desestabilizar los enlaces de hidrogeno, permitiendo su remplazo por enlaces con moléculas de agua, depende fuertemente de la dirección de estiramiento. El protocolo de simulación que permite equilibrar a cada paso de extensión, nos evidenció eventos conducentes al desdoblamiento de la molécula ubiquitina por fuerzas mecánicas.  aDinámica molecular930900  aSimulación de procesos9155250  aEnlaces de hidrógeno936737  aEstabilidad dinámica98679910aAmzel, L. Mario4auteaut93463290 tUniversitas Scientiarum (Bogotá)gVol. 17, No. 03, Sep.-Dic. 2012, p. 273-281w777515x01227483 IMPRESA0255238  cARIMP  c653089d653089